Năm 1956, ba năm sau khi Bộ Nông nghiệp Hoa Kỳ (USDA) thành lập Phòng Thương Mại Nông Nghiệp (FAS) nhằm hỗ trợ ngành nông nghiệp Hoa Kỳ mở rộng ra thị trường toàn cầu, tổ chức tiền thân của USAPEEC – Viện Trứng & Gia Cầm Hoa Kỳ (PEIA) – đã ký kết thỏa thuận tiếp thị với FAS. Từ đó, PEIA trở thành tổ chức hợp tác với FAS và chịu trách nhiệm quản lý nguồn ngân sách thúc đẩy xuất khẩu được USDA phân bổ hàng năm theo Luật Nông nghiệp (Farm Bill). Trong nhiều năm, PEIA hoạt động độc lập như một hiệp hội thương mại xuất khẩu. Tuy nhiên, đến cuối những năm 1970, PEIA gặp nhiều khó khăn.

Hiệp Hội Trứng & Gia Cầm Hoa Kỳ (U.S. Poultry & Egg Association), khi đó có tên là Hiệp Hội Trứng & Gia Cầm Đông Nam (SPEA), đã tiếp quản và tái cấu trúc tổ chức này, đưa PEIA thành một phân nhánh của SPEA và đổi tên thành Hiệp Hội Xuất Khẩu Trứng và Gia Cầm Hoa Kỳ (USAPEEC) vào ngày 15 tháng 3 năm 1984. Trong thời gian USAPEEC hoạt động như một đơn vị thuộc SPEA (15/3/1984 – 30/9/1985), SPEA đã tài trợ 154.000 USD cho các hoạt động của USAPEEC.

Đến tháng 9 năm 1985, USAPEEC trở thành một tổ chức độc lập nhưng vẫn dùng chung văn phòng với SPEA cho đến tháng 2 năm 1986. Đến tháng 3 năm 1986, USAPEEC chuyển đến văn phòng đầu tiên tại Tucker, Georgia. Trong năm tài chính đầu tiên dưới tư cách pháp nhân riêng, SPEA tiếp tục hỗ trợ thêm 125.000 USD cho hoạt động của USAPEEC. Ông Jim Sumner được bổ nhiệm làm Chủ tịch vào năm 1990, và đến năm 1992, trụ sở USAPEEC được chuyển đến văn phòng rộng hơn tại Stone Mountain, Georgia cho đến năm 2021. Tháng 4 năm 2021, USAPEEC chuyển về lại Tucker, đặt văn phòng tại trụ sở được cải tạo mới của US POULTRY và hiện là đồng sở hữu của tòa nhà này.

Trải qua nhiều năm phát triển, USAPEEC đã chuyển mình từ một tổ chức chuyên xúc tiến xuất khẩu sản phẩm trứng & gia cầm Mỹ qua mạng lưới gồm 16 văn phòng và tư vấn quốc tế, thành một tổ chức đại diện ngành trong các vấn đề chính sách thương mại. Tuy nhiên, USAPEEC vẫn giữ vững sứ mệnh ban đầu là quảng bá hình ảnh và chất lượng vượt trội của sản phẩm trứng và thịt gia cầm Mỹ trên toàn cầu.